Prévalence et signification clinique de la détection de virus respiratoire (hors SARS-CoV-2) par PCR respiratoire au cours des pneumonies aiguës communautaires graves

Les virus respiratoires sont un ensemble hétérogène d’espèces virales partageant un tropisme pour l’ensemble de l’arbre aérien et une symptomatologie commune. L’avènement en routine clinique des tests génomiques multi-cibles (PCR multiplex) a démontré leur place importante dans l’épidémiologie des pneumonies aigues communautaires sévères de l’adulte, et a mis en lumière l’impact pronostique péjoratif de la co-infection virus-bactérie. Cependant, l’interprétation clinique des tests virologiques peut poser problème au clinicien car les résultats sont parfois équivoques. Un résultat négatif n’exclut pas nécessairement un épisode d’excrétion virale active, tandis qu’un résultat positif ne signifie pas forcément que le tableau observé est attribuable au virus respiratoire détecté. Le clinicien peut si besoin répéter le test ou s’aider, selon disponibilité, d’outils moléculaires de confirmation. L’impact thérapeutique de la détection virale (hors SARS-CoV-2) est à ce jour limitée, et concerne principalement la mise en œuvre de mesures de maitrise du risque viral, l’initiation d’une traitement anti-viral en cas de détection de virus Influenza, et la mise en garde vis-à-vis de l’utilisation de la corticothérapie systémique.

Respiratory viruses are a heterogeneous group of viral species that share a tropism for the entire respiratory tract and a common symptomatology. The availability in clinical routine of multi-target genomic testing (multiplex PCR) has allowed to demonstrate their key role in the epidemiology of severe community-acquired pneumonia in adults, and highlighted the negative impact of virus-bacteria co-infection. However, the clinical interpretation of multiplex PCR can be tricky for clinicians, as results could be equivocal. A negative result does not necessarily rule out an episode of viral excretion, while a positive result does not necessarily mean that the clinical picture is attributable to the respiratory virus detected. If necessary, clinicians can repeat the test or, if available, use confirmatory molecular tools. To date, the therapeutic impact of viral detection (except for SARS-CoV-2) is narrow, and mainly concerns the implementation of measures to limit the transmission risk, the initiation of anti-viral treatment in case of influenza detection, and a warning regarding the use of systemic corticosteroids.