Entérobactéries résistantes aux antibiotiques et microbiote intestinal : la face cachée de l’iceberg

Le microbiote intestinal (MI) ou « flore commensale » constitue notre organe métabolique le plus original par le fait qu’il est constitué de plusieurs centaines d’espèces bactériennes différentes dont la composition est propre à son hôte. S’il n’est pas un organe vital, il joue un rôle certain dans l’immunité, les maladies inflammatoires du tube digestif ou encore la production de vitamines. Pourtant, c’est un organe métabolique que nous altérons régulièrement à chaque prise d’antibiotiques. En effet, quels que soient le type, la posologie, la durée du traitement ou même la voie d’administration, toute prise d’antibiotiques a un effet sur le MI. Le MI est un formidable réservoir de bactéries résistantes et de gènes de résistances. Un des effets secondaires de la prise d’antibiotiques est donc la sélection de bactéries résistantes au détriment des bactéries sensibles. Dans cette revue, nous prendrons l’exemple des bêta-lactamines et des fluoroquinolones (FQ), deux familles majeures d’antibiotiques couramment utilisées en réanimation et pour lesquelles les dommages collatéraux sont majeurs.

The intestinal microbiota (IM) also named “commensal flora” is the most original metabolic organ in our body, as formed by several hundred different bacterial species with a specific composition depending on its host. IM plays a key role in our immunity, in the inflammatory diseases of the gastro-intestinal tract as well as in the production of vitamins. Yet, IM is a metabolic organ that we alter following each antibiotic intake. Whatever are its family, its dosage, its duration, and even its route of administration, every antibiotic has an effect on the IM. IM is a substantial reservoir for resistant bacteria and genes for resistance. A major side-effect of the antibiotics is the selection of resistant bacteria in the IM. In this review, we will focus on betalactams and fluoroquinolones, two major antibiotics families commonly used in the intensive care units and possibly responsible for clinically relevant damage.