Apport de la polymerase chain reaction (PCR) en temps réel dans le diagnostic du sepsis sévère en réanimation

Les méthodes de polymerase chain reaction (PCR) en temps réel peuvent détecter rapidement dans le sang des patients un large panel de micro-organismes. Elles présentent donc un intérêt dans la prise en charge des patients en permettant de documenter les états infectieux graves notamment en réanimation, ce d’autant que ces patients sont souvent sous antibiotiques au moment du prélèvement. Les kits commercialisés, dont le plus expertisé dans la littérature est le LightCycler® SeptiFast, fournissent 1,5 à 2 fois plus de résultats positifs comparés aux hémocultures. Cependant, si l’obtention de l’identification est rapide par ces kits couvrant 90 % des micro-organismes rencontrés en réanimation, peu de cibles renseignant sur la résistance aux antibiotiques sont disponibles. Or, compte tenu des résistances portées par ces microorganismes, la nécessité de rendre aux cliniciens un antibiogramme est primordiale et les techniques de bactériologie conventionnelles sont loin d’être obsolètes. Un résultat d’identification rapide positif pour une bactérie spécifique permettrait donc uniquement de décrémenter l’antibiothérapie afin de diminuer la pression de sélection. Ces techniques de PCR en temps réel doivent être interprétées en fonction du contexte clinique et il est important de s’interroger sur la signification d’un signal d’acide désoxyribonucléique (ADN) positif, sachant que celui-ci ne présage pas de la viabilité du microorganisme: quelle est la pertinence clinique d’une ADNémie bactérienne ou fongique ? Signifie-t-elle la présence d’un réel sepsis ? Peut-on au plan pronostique accorder un crédit à un signal positif alors que les hémocultures restent négatives ? C’est pourquoi un tel résultat doit toujours être interprété selon le tableau bioclinique du patient. Enfin, la rentabilité de ces tests de PCR en temps réel doit intégrer la notion de coût. C’est pourquoi ces techniques sont à réserver aux patients sévères en réanimation. De plus, le panel des pathogènes reconnus ainsi que les cibles de résistance aux antibiotiques devraient être plus larges pour que cette technologie puisse, à l’avenir, être utile à la prise en charge rapide du sepsis.

Real-time polymerase chain reaction (PCR) methods are able to rapidly detect a wide panel of microorganisms. These methods are of interest in critically ill patients to determine the presence of bacteria in blood samples, especially in patients with prior antimicrobial treatment. In the intensive care unit (ICU), the most frequently used kit is the LightCycler® SeptiFast (LC-SF) Test providing 1.5- to 2-fold higher positivity rate compared with conventional blood cultures. Although identification of the bacterium by LC-SF is rapid and sensitive, susceptibility test can not be performed using this technique, except for methicillin-resistance of Staphylococci. Thus conventional cultures remain necessary for blood samples due to the high incidence of multidrugresistant bacteria in the CIU and the need of antimicrobial susceptibility in order to initiate appropriate antimicrobial treatments. A negative result for a Gram positive or negative bacterium could allow deescalating the initial antimicrobial treatment, decreasing the pressure of selection. Moreover, it is necessary to the clinicians to understand and interpret a deoxyribonucleic acid (DNA) signal knowing that a dead bacterial material may be detected in a patient without any infection. What is the clinical relevance of bacterial DNA present in the blood? Does the DNAemia reflect a true infection? Does a positive DNA signal without positive blood cultures correspond to an unfavorable outcome? Cost-effectiveness of the real-time PCR should be investigated. Meanwhile, this test should be restricted to severe clinical situations, especially to ICU patients with severe sepsis. In the future, real-time PCR tests should include more pathogens and antimicrobial resistance targets.